Многолетняя практика Первого МГМУ им. И.М. Сеченова показала, что совместная деятельность кафедры медицинского ВУЗа и профильного НИИ является эффективной формой совершенствования педагогического процесса, повышения качества послевузовской подготовки врачебных кадров и интенсификации научных медицинских исследований. Совместная деятельность педагогического ВУЗа и НИИ направлена на повышение качества образования с целью сохранения и развития медицинского и научного потенциала страны.

В этой связи Президиум РАМН 13 октября 1999 года принял решение об организации на базе Научного Центра акушерства, гинекологии и перинатологии РАМН одноименной кафедры. Приказом ректора № 0006 от 7 января 2000 г. по Московской медицинской академии им. И.М.Сеченова кафедра была открыта в структуре факультета послевузовского профессионального образования врачей. В 2006-2007 гг. кафедра была включена в состав нового образованного Факультета послевузовского профессионального образования педиатров Первого МГМУ им. И.М. Сеченова.